Rođena je 1. april 1959. godine kao jedinica u porodici beogradskog pozorišnog i TV-reditelja Slavoljuba Stefanovića-Ravasija.
Srednju muzičku školu završava u klasi sa Ivom Pogorelićem sa kojim uzima privatne časove kod ruskog profesora Timikina. Kao apsolutni sluhista i uz Pogorelića najtalentovanija u klasi dobija ponudu za nastavak školovanja na moskovskom konzervatorijumu. Ponudu odbija i u Beogradu upisuje arhitekturu koju uspešno završava 1982. Kao student osvaja treću nagradu na međunarodnom konkursu u Japanu za rad na temu uređenja crnogorskog sela Reževići. Istovremeno važi za jednog od najtalentovanijih klasičnih pijanista.
Prekretnicu u njenoj muzičkoj orijentaciji predstavlja prisustvovanje koncertu tek formiranog benda Milana Mladenovića Katarina II u sali bioskopa „Topčiderska zvezda“. Prvog maja 1982. upoznaje članove grupe Električni orgazam, a kroz druženje sa njima i Milana Mladenovića. Mladenović je, fasciniran njenim talentom i voljom za istraživanjem, poziva da se pridruži grupi, te kupuje sintesajzer na kojem Stefanovićeva vežba. Nakon povratka sa tromesečnog puta po Južnoj Americi Margita Stefanović postaje stalni član sastava.
Margita komponuje i muziku za pozorište. Za predstave „Klasni neprijatelj“, „Tri sestre“, „S one strane duge“ i „Majka hrabrost“, televiziju, radi kao producent i gostuje na albumima mnogih jugoslovenskih grupa.
Posle raspada „Ekatarine Velike“ nastavlja da se bavi muzikom. Sa nekoliko beogradskih muzičara krajem 1994. osniva bend Kurajberi koji uglavnom izvodi obrade stranih i domaćih hitova po beogradskim klubovima.
Godine 1995. osniva bend „EQV“ sa muzičarem Vladimirom Stojićem i izdaje CD „Ti si sav moj bol“. U tom periodu nastavlja da gostuje i na albumima i koncertima jugoslovenskih bendova.
Margita Stefanović je poslednje godine života provela u beogradskom Centru za smeštaj beskućnika, a umrla je 18. septembra 2002. na beogradskoj Infektivnoj klinici. Uzrok smrti nije zvanično objavljen, ali se pretpostavlja da je umrla od posledica dugogodišnjeg intravenoznog konzumiranja droge.
Pre nje su umrli Ivica Vdović (1992), Milan Mladenović (1994) i Bojan Pečar (1998).