On je s klubom potpisao dvogodišnji ugovor.
Valensija je pod vođstvom Emerija treću godinu za redom zauzela treće mesto u španskom prvenstvu iza Real Madrida i Barselone, ali se baskijski stručnjak našao pod pritiskom posle poraza njegove ekipe od Atletiko Madrida u polufinalu Lige Evropa.
Pelegrino je kao igrač nastupao za Valensiju, i osvojio dva UEFA kupa kada je ekipu vodio Rafa Benites.
On je 2001. nastupao sa ekipom i u finalu Lige šampiona ali je u penal seriji promašio ključni udarac posle koga je pehar osvojio Bajern Minhen.
Argentinac je po okončanju igračke karijere sarađivao sa Benitesom kao asistent u Liverpulu i milanskom Interu.
Beta