Povod za pokretanje disciplinskog postupka i kasniji otkaz bilo je njegovo odbijanje da prihvati dokumentaciju na osnovu koje je Gradska uprava za inspekcijske poslove izvršila plaćanje iz gradskog budžeta za rušenje nelegalno podignutih objekata preduzeća "Kelvin" u Partizanskoj ulici u Novom Sadu krajem 2005.
Jovanović zbog toga, kao postupajući građevinski inspektor, nije hteo da donese zaključke o troškovima kojima bi naknadno opravdao plaćanje.
On tvrdi da je samo u slučaju prvog, od ukupno tri nelegalno podignuta objekta, započeo proceduru prinudnog izvršenja uvođenjem Javnog komunalnog preduzeća "Stan" u posao rušenja.
"Manipulacija se sastojala u tome da je pokušano da se preduzeće koje je Stan angažovao kao podizvođača pri rušenju prvog objekta, prikaže da je bilo angažovano i na drugom i trećem objektu, gde nije ni bilo prinudnog izvršenja rušenja", rekao je Jovanović agenciji Beta i dodao da je iz gradskog budžeta "Stanu" za rušenje objekata plaćeno 5,9 miliona dinara.
Tadašnji Opštinski sud u Novom Sadu je početkom 2009. odbio zahtev Jovanovića da bude vraćen na posao. U presudi je navedeno da je on "učinio povredu radne obaveze jer nije postupio po nalogu svoje načelnice", zbog čega je sud Jovanovićevu tužbu odbacio kao neosnovanu.
U žalbi na presudu Jovanović je ukazao na činjenicu da je sud u citiranju dokumenata, koje je dostavio kao dokaze, promenio smisao reči, što postupajuća sudija Tatjana Bjelogrlić sebi nije smela da dozvoli. Zbog toga je Apelacioni sud ukinuo presudu i naložio novo suđenje.
Novo suđenje, iako je ušlo u treću godinu, praktično nije ni počelo i saslušani su samo Zoran Jovanović i jedan svedok.
"Znam da je praksa Evropskog suda za ljudska prava u Strazburu da se može sankcionisati svako suđenje koje traje duže od tri godine. Država koja ne uspe da zaštiti svog građanina i omogući mu suđenje u razumnom roku uvek biva osuđena. Ubeđen sam da bi to bio slučaj i u ovom predmetu", ocenio je Jovanović.
Programski direktor organizacije "Transparentnost Srbija" Nemanja Nenadić je rekao da dugo trajanje ovog spora, i pored svih poznatih uslova rada domaćeg pravosuđa, prevazilazi sve očekivane vremenske rokove i otvara mogućnost da se Jovanović obrati međunarodnim institucijama.
"Spor zaista traje predugo, a moralo bi znatno brže da se u njemu postupa. Na ovom slučaju vidimo koliko je u Srbiji dug put do pravde", rekao je Nenadić agenciji Beta.
Prema njegovim rečima, u ovoj priči dodatno zabrinjava to što nema nikakve garancije da će u momentu kada Jovanović dobije spor na sudu biti nešto preduzeto da se reši pitanje od javnog interesa za Novi Sad, odnosno da li je Grad u ovom slučaju oštećen i da li će neko snositi posledice za to.
"Po mom mišljenju Grad jeste oštećen, usled toga što nije bilo sluha da se reši ono na šta je Jovanović ukazivao", kazao je Nenadić.
Predstavnici Grada retko su se oglašavali povodom Jovanovićevog slučaja, pravdajući to činjenicom da ne žele da iznose komentar dok traje sudski postupak. Pre više od četiri godine, iz Gradskog veća su se oglasili šturim saopštenjem u kojem je navedeno da je Jovanović "učinio teže povrede radnih obaveza i dužnosti i izrečena mu je mera prestanka radnog odnosa".